1.溫度控制：
保持培養(yǎng)箱內恒定的溫度是維持細胞健康生長的重要因素。當選購二氧化碳培養(yǎng)箱時，有兩種類型的加熱結構可供選擇：氣套式加熱和水套式加熱。雖然這兩種加熱系統(tǒng)都是和可靠的，但是它們都有著各自的優(yōu)點和缺點。水套式培養(yǎng)箱是通過一個獨立的熱水間隔間包圍內部的箱體來維持溫度恒定的。熱水通過自然對流在箱體內循環(huán)流動，熱量通過輻射傳遞到箱體內部從而保持了溫度的恒定。新穎的水套式設計有其優(yōu)點：水是一種很好的絕熱物質，當遇到斷電的時候，水套式系統(tǒng)就能更可靠地長久保持培養(yǎng)箱內的溫度準確性和穩(wěn)定性（維持溫度恒定的時間是氣套式系統(tǒng)的4-5倍）。如果您的實驗環(huán)境不太穩(wěn)定（如有用電限制，或者經常停電）并需要保持長時間穩(wěn)定的培養(yǎng)條件，此時，水套式設計的二氧化碳培養(yǎng)箱就是您的選擇。
而氣套式加熱系統(tǒng)是通過箱體內的加熱器直接對箱內氣體進行加熱的。氣套式設計在箱門頻繁開關引起的溫度經常性改變的情況下能夠迅速恢復箱體內的溫度穩(wěn)定。因此，氣套式與水套式相比，具有加熱快，溫度的恢復比水套式培養(yǎng)箱迅速的特點，特別有利于短期培養(yǎng)以及需要箱門頻繁開關的培養(yǎng)。此外，對于使用者來說氣套式設計比水套式更簡單化（水套式需要對水箱進行加水、清空和清洗，并要經常監(jiān)控水箱運作的情況）。在購買氣套式培養(yǎng)箱時，要注意的是：為了不影響培養(yǎng)，培養(yǎng)箱還應該有一個風扇以保證箱內空氣的流通和循環(huán)，此裝置還有助于箱內溫度、CO2和相對濕度的迅速恢復。
2.CO2控制：
CO2 濃度探測可通過兩種控制系統(tǒng)——紅外傳感器（IR）或熱傳導傳感器（TC）進行測量。當二氧化碳培養(yǎng)箱的門被打開時，CO2從箱體內漏出，此時傳感器就會探測到CO2濃度的降低，并做出及時的反應，重新注入CO2使其恢復到原先預設的水平。
3.相對濕度控制：
培養(yǎng)箱內相對濕度的控制是非常重要的，維持足夠的濕度水平才能保證不會由于過度干燥而導致培養(yǎng)失敗。大型的二氧化碳培養(yǎng)箱是用蒸汽發(fā)生器或噴霧器來控制相對濕度水平的，而大多數(shù)中、小型培養(yǎng)箱則是通過濕度控制面板（humidity pans）的蒸發(fā)作用產生濕氣的（其產生的相對濕度水平可達95-98％）。一些培養(yǎng)箱有一個能在加熱的控制面板上保持水份的濕度蓄水池（humidity reservoir），這樣可以增強蒸發(fā)作用，此蓄水池能增加相對濕度水平達97-98％。但是，這個系統(tǒng)也更復雜，由于復雜結構的增加一些難以預料的問題也會在使用過程中出現(xiàn)。
4.微處理控制系統(tǒng)：
每一個使用者都希望所用的儀器能夠方便好用，微處理控制系統(tǒng)和其它各種功能附件（如高溫自動調節(jié)和警報裝置、CO2警報裝置、密碼保護設置、自動校準系統(tǒng)等等）的運用，就使得二氧化碳培養(yǎng)箱的操作和控制都非常的簡便。微處理控制系統(tǒng)是維持培養(yǎng)箱內溫度、濕度和CO2 濃度穩(wěn)態(tài)的操作系統(tǒng)。例如PIC微處理器控制系統(tǒng)，它能嚴格控制氣體的濃度并將其損耗降低水平，以保證培養(yǎng)環(huán)境恒定不變，且能保證長期培養(yǎng)過程中箱內溫度，并有LED 顯示，可設置、校正溫度和CO2濃度。不同的微處理系統(tǒng)雖然名字不相同，但是其原理與控制效果則無甚區(qū)別，選購時不必太在意它們名字上的區(qū)別，關鍵是要自己覺得使用起來方便，容易操作，而且要能夠達到所需的控制精度。
5.污染物的控制：
污染是導致細胞培養(yǎng)失敗的一個主要因素，因而，二氧化碳培養(yǎng)箱的制造商們設計了多種不同的裝置去減少和防止污染的發(fā)生，其主要途徑都是盡量減少微生物可以生長的區(qū)域和表面，并結合自動排除污染裝置來有效防止污染的產生。
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